В период Гражданской войны и постоянных эпидемий накапливался опыт санитарно-эпидемиологической службы. Создавались чрезвычайные комиссии и противоэпидемические отряды, а затем и санитарно-эпидемиологические станции. В 1919 г. подписанный В. И. Лениным декрет о вакцинации против холеры дал старт первой в истории подобной кампании в общенациональном масштабе. Формируется целый комплекс научно-исследовательских институтов. Основатель кафедры эпидемиологии в Одессе Д. К. Заболотный явился основоположником советской эпидемиологии, а сотрудники института имени Н. Ф. Гамалеи Л. А. Зильберт и З. В. Ермольева стали светилами мировой эпидемиологии.
Советские ученые разработали принципы и технологию сбора, анализа и передачи информации, позволившие оперативно оценивать эпидемическую ситуацию и своевременно предлагать необходимые решения.