Основоположником эпидемиологии в Российской империи стал Даниил Самойлович (1744–1805), он предложил иммунизацию против чумы материалом из бубона больных, разработал систему карантинных и дезинфекционных мероприятий при чуме.
Первую вакцину в России использовала Императрица Екатерина II — в 1768 г. она привилась от оспы. В память об этом было отчеканено 12 медалей с её изображением и подписью «Собою подала пример», а кроме того поставлен балет «Торжествующая Минерва или Побежденное предрассуждение». В 1826 году Император Николай I учредил медаль «За прививание оспы». Награждались наиболее отличившиеся прививальщики оспы в губерниях.
На вторую половину XIX века и начало века XX пришёлся «золотой век» русской эпидемиологии: особый вклад внесли Н. Ф. Гамалея, нобелевский лауреат И. И. Мечников и другие. Появлялись институты, дезинфекционные станции. Благодаря созданной В. А. Хавкиным вакцине была остановлена последняя в истории масштабная пандемия чумы.
